На свим факултетима Универзитета у Нишу обавља се научноистраживачки рад у области основних, примењених и развојних истраживања, у циљу развоја науке и стваралаштва, унапређивања делатности високог образовања, односно унапређивања наставе, усавршавања научног подмлатка, увођења студената у научни рад, као и стварања материјалних услова за рад и развој факултета у целини.
Научноистраживачки рад се у протеклом периоду одвијао кроз учешће наставника и сарадника у реализацији научноистраживачких пројеката домаћег и међународног карактера, публиковање радова у научним часописима и учешће на научним скуповима у земљи и иностранству. Активности на реализацији пројеката које финансира Министарство науке Републике Србије представљају основни вид научноистраживачког рада на факултетима и значајан извор средстава.
Велики број наставника и сарадника наших факултета био је ангажован у оваквим пројектима. Многи факултети Универзитета у Нишу се, у оквиру својих организационих јединица, истраживачких лабораторија и иновационих центара, ангажују у пружању стручне и техничке подршке и других услуга из области научноистраживачког рада што је довело од остваривања тесне сарадње са привредом.
Сви факултети Универзитета били су организатори или суорганизатори бројних научних скупова на националном нивоу и скупова са међународним учешћем. Све већи број наставника и сарадника свих факултета Универзитета у Нишу сваке године узима активно учешће на разним научним скуповима на националном и међународном нивоу.
