Универзитет у Нишу у свом саставу има 14 факултета.
- Грађевинско-архитектонски факултет
- Економски факултет
- Електронски факултет
- Машински факултет
- Медицински факултет
- Педагошки факултет у Врању
- Правни факултет
- Природно-математички факултет
- Технолошки факултет у Лесковцу
- Факултет уметности
- Факултет заштите на раду
- Факултет спорта и физичког васпитања
- Филозофски факултет
- Пољопривредни факултет у Крушевцу
На свим нивоима студија школске 2019/2020. године на факултетима Универзитета у Нишу студирало је укупно 23.835 студенaта. Од овог броја, основне струковне, основне академске и интегрисане студије похађала су 19.102 студента.
Мастер академске студије пратило је 2.577, специјалистичке струковне студије 17, а докторске академске студије 1.228 студената.
Од оснивања Универзитета у Нишу до данас, дипломирала су 75.494 студента, од чега 1.365 страних држављана. Академски назив магистар наука стекао је 2.621, а звање мастер 7.429 последипломаца, а титулу доктор наука 2.653 кандидата (2.207 по старом програму, док је 446 по програмима докторских академских студија).
На факултетима Универзитета у школској 2019/2020. години наставу је изводило 1.705 наставника и сарадника, од тога 1.346 наставника и 359 сараданика.
Универзитет у Нишу је први пут акредитован 31.01.2009.године у оквиру трећег циклуса акредитације високошколских установа Србије, у којем су акредитовани и универзитети у Београду и Новом Саду. Након пет година, спроведен је нови поступак акредитације, а Одлуку о акредитацији Универзитет у Нишу је добио 14.11.2014. године.
У складу са Законом о високом образовању, одлуком Комисије за акредитацију и проверу квалитета Републике Србије aкредитовни су и факултети Универзитета у Нишу.
На Универзитету и факултетима Универзитета у Нишу, акредитовано је укупно 130 студијских програма на свим нивоима студија. Од тога, девет за извођење наставе и на српском и енглеском језику и то:
• на Медицинском факултету 3 студијска програма (интегрисане академске студије Медицине, Стоматологије и Фармације),
• на Електронском факултету 2 студијска програма (Основне академске студије: Electrical Engineering and Information Technologies и Мастер академеске студије. Telecommunications)
• на Факултету спорта и физичког васпитања 2 студијска програма (Основне струковне студије: UNDERGRADUATE / PROFESSIIONAL STUDIIES, SPORT и Специјалистичке струковне студије: SPECIALIZED PROFESSIONAL STUDIES, SPORT),
• на Грађевинско-архитектонском факултету 1 студијски програм (Докторксе академксе студије: HYDROINFORMATICS) и
• на Машинском факултету 1 студијски програм (Докторксе академксе студије: MECHANICAL ENGINEERING).
